一般來說，整個治療分為5個階段：
第一，手術前處置。唇腭裂患兒的出生對父母來說無疑是嚴重打擊，這就更需要為他們付出更多的愛心。醫生要對患兒進行登記，以便以后進行長期隨訪。婦產科和小兒科醫生對患兒進行全面體檢，并解答有關問題，指導正確的喂養方法，告知患兒親屬在整個唇腭裂序列治療過程中的注意事項。
第二，唇腭裂修復手術。一般單側唇裂修復手術在患兒3～6個月進行，而雙側唇裂手術多在6～12個月左右進行。
第三，唇腭裂修復手術。大多選擇在患兒12～18個月時進行。
第四，手術后處置。雖然這時腭部的裂隙已補好，但可能患兒的發音還帶有濃重的鼻音，術后半年之內應檢查患兒的發音狀況，并早期進行語音訓練，若發音仍未明顯改善，到4～5歲左右可考慮作二次咽成形術。唇腭裂患兒往往伴有牙齒不齊的情況，可進行牙齒的正畸治療。
第五，頜骨及面部繼發畸形的治療。對于嚴重唇腭裂患者，9～11歲是進行牙床裂植骨修復的理想年齡。另外，由于手術很難一次性滿意地矯治所存在的鼻唇和頜骨繼發畸形，應在患兒生長發育完成后(男性17-18歲，女性15歲)進行二次整復手術。
唇腭裂的治療過程貫穿整個生長發育期，需要患兒家長與醫生的密切配合，只有這樣，才能獲得較理想的治療效果。
