昆明醫科大學附屬口腔醫院始建于2006年10月，由昆明醫學院第一、第二附屬醫院口腔科組建而成，2007年加掛云南省口腔醫院牌子。醫院是云南省口腔醫學會、云南省醫師協會口腔醫師分會、云南省口腔疾病診療質量控制中心掛靠單位；是云南省唯一的口腔專科護理人才培養基地，2020年入選國家第三批住院醫師規范化培訓基地。作為云南省唯一的三級口腔專科醫院，全院有教醫護職工625名，具有高級職稱的專業技術人員62人，博士研究生導師16人，碩士生導師53人；專業擁有一支結構合理、素質優良的師資隊伍。現有237名教醫師中具有博士學位人員38人、碩士學位人員176人，具有碩士及以上學位的教師占教師總數的91.56%。醫院設有212臺牙椅，34張病床，共有14個臨床醫技科室（牙體牙髓科、牙周病科、口腔頜面外科、口腔修復科、口腔正畸科、兒童口腔科、口腔預防科、口腔種植科、口腔綜合科、口腔特診科、口腔影像科、檢驗科、消毒中心、手術室），5個特色專科門診（兒童口腔錯頜畸形早期矯治專科、口腔黏膜病專科、口腔舒適化治療中心、口腔正頜外科、口腔老年病專科）、6個直屬門診部（第一門診部、第二門診部、呈貢門診部、前興路門診部、五華昆百大門診部、呈貢七彩云南門診部），多點辦醫有效擴大服務范圍，提升社會服務能力，2024年門診人次達56.54萬。“十三五”期間科研工作成績斐然，共獲科研項目197項（含12項橫向課題），其中國家自然科學基金18項，國家社會科學基金1項；獲云南省科技進步一等獎1項，二等獎1項，三等獎2項，2019年獲獎等次及數量實現建院以來的歷史性突破。“十三五”以來，師生發表論文527篇，其中高質量論文158篇（SCI83篇，北大核心75篇），獲專利84項，出版專著25部。“十四五”開局至今（2021-2023年），醫院新增各級科研項目152項（其中，國家自然基金項目12項），累計新增科研經費4000余萬元；累計獲得科研獎項6項（其中，省部級獎項3項）；發表論文209篇（其中SCI61篇），獲專利54項。2025年2月，昆明醫科大學附屬口腔醫院獲批設立國家級博士后科研工作站。醫院持續開展專科聯盟和醫聯體建設，是“國家口腔疾病臨床醫學研究中心”成員單位，從2008年起先后加入上海交通大學醫學院附屬第九人民醫院牙頜面畸形診治專科聯盟、牙周病診治專科聯盟、牙體牙髓疑難疾病診治專科聯盟、口腔正畸專科聯盟、口腔修復專科聯盟；與四川大學華西口腔醫院、重慶醫科大學附屬口腔醫院簽訂專科聯盟協議，促進醫院在西部地區進行口腔疾病臨床醫學研究及應用推廣，為西南口腔患者跨區域聯合診療、區域轉診搭建高速有效的綠色通道。我院每年舉辦或承辦國際國內學術交流會議，與美國、日本、韓國、泰國、越南等國家和臺灣地區牙學院建立了友好合作關系。先后共選派了40余名教師赴美國、加拿大、英國、泰國、日本等國家研修學習。學院于2004年作為發起人之一加入湄公河區域國際牙科協作組織（IDCMR）成為該組織中唯一的中國院校，并于2006年、2019年主辦第三屆、第十四屆湄公河區域國際牙科協作組織學術年會。2023年主辦”中國-東南亞口腔醫學教育交流與合作論壇“，2025年與泰國瑪希隆大學牙學院簽署了口腔醫學博士中外合作辦學項目協議。連續十年累計派出200余名師生赴東南亞地區參與域內外口腔醫學領域的學術交流和訪學，接收多所泰國大學牙學院年輕教師及學生到院進行短期學習，有力促進了云南與一帶一路沿線國家在口腔醫學教育、科研項目的互動與文化交流。