南京醫科大學眼科醫院系南京醫科大學附屬眼科醫院，江蘇省紅十字眼科醫院，國家三級甲等眼科醫院，國家臨床重點專科單位，國家藥物臨床試驗機構（GCP）,核定床位120張，已開放床位120張，可開放床位164張以上，面積12000多平方米，職工200多人，是一所具有一定影響力的現代眼科專科醫院。南京醫科大學眼科醫院隸屬于南京醫科大學第四臨床醫學院，是在原中日友好南京眼科醫院的基礎上創建的融醫療、教學、科研于一體、的非營利性眼科醫院，是江蘇省公費醫療、新農合、南京市公費醫療及江蘇省、南京市城鎮職工和居民醫保定點眼科專科醫院，是江蘇醫保和新農合省級轉診定點醫院。為江蘇省驗光配鏡從業人員實訓考核基地，江蘇省中小學生眼保健教育示范基地，南京醫科大學碩士生培養基地，南京醫科大學博士生培養點，中國中西醫結合學會眼科專業委員會眼視光協作組組長單位，擁有中央與地方共建高校特色優勢學科實驗室——南京醫科大學醫學視光學教學實驗室、南京醫科大學眼視光學和視覺科學重點實驗室，南京市眼科醫學重點專科，南京醫科大學眼科學（眼視光學）校級重點學科。2018年，醫院被評為國家臨床重點專科。1994年在江蘇省衛生廳、南京醫科大學及其一附院的關心下，在日本名古屋NAGALION俱樂部、國際眼科專家安藤文隆博士、邱信男院長、杉田院長等國際友人的共同支持下，誕生了江蘇省國際合作性眼科專科醫院——中日友好南京眼科醫院（江蘇省人民醫院眼科分院）。南京醫科大學眼科醫院建院以來先后開展了視網膜玻璃體手術、白內障超聲乳化人工晶體植入術、飛秒激光白內障超聲乳化人工晶體植入術、飛秒激光近視矯正、深板層角膜移植術、眼前段再造術、難治性眼外傷手術（包括眼內非磁性異物取出術及聯合角膜移植人工晶體植入視網膜玻璃體手術）、非穿透濾過手術等一系列現代顯微眼科手術，至今仍然代表著眼科臨床復雜的手術技能，為江蘇省眼科手術水平的提高，作出了貢獻。