吉林大學口腔醫院設有口腔頜面外一科、口腔河面外二科、口腔頜面外三科、口腔頜面外科門診、口腔修復科、口腔正畸科、口腔種植科、牙體牙髓科、兒童口腔科、牙周科、口腔黏膜科、口腔預防科、VIP綜合科、綜合口腔治療科、口腔急診科、老年口腔科、口腔醫學整形美容中心等25個臨床醫療醫技科室。